奇病の蔓延する現代。病によって死の淵にたつ少女レーベン・ディステルは声を聞く。

「あなたは選ばれた。｣

そして訪れる死。
しかしレーベンは再び目を覚ます。

二千年先の人類滅亡後の未来。
エノアと名乗る機械の少女に迎えられて。

そこはエデンと呼ばれる構造体のなか。
エデンでは機械たちが人類再生のために本物の人間を創造しようと稼働をつづけていた。

レーベンはエノアに導かれ、
本物の人間になるための戦いに巻き込まれていく。