STORY

プレイヤーは虹宮トーヤとなりライバルたちと熱いバトルを繰り広げてゆく———。

5年前のある日、ゲート市に住む、虹宮トーヤは幼馴染である白鳥ユウと転校をきっかけに離れ離れになることとなった。
トーヤはユウに「転校してもバトスピを続ける」と約束し、お互いのキースピリットを交換する。
５年後、ゲート市に再び戻ってきたトーヤはユウと再戦するも、転校先でバトスピを続けていなかったため、ユウに惨敗してしまった。
トーヤはもう一度、ユウの期待に応えるため、強くなることを決意する。

開門高校バトスピ部部長、火和ミツグのもとを訪れ、トーヤはバトスピ部へ入部する。
トーヤはユウも出場する「バトスピハイスクールチャンピオンシップ」へ向けて、部員やカードショップ「カードリング」のメンバーとバトルを重ね、次第に実力を取り戻していった。

「バトスピハイスクールチャンピオンシップ」のエリア予選が始まる。
トーヤは決勝でユウとバトルをするために予選リーグを勝ち進む。
ユウとの決勝戦、実力を取り戻したトーヤは勝利しユウの信頼を取り戻した。

エリア予選が終わったのもつかの間、本戦出場が決まったトーヤは夏休みを使ってバトルに励んでいた。
そんな中、負けた人間からカードを奪っていく「アンティバトラー」がゲート市に現れる。
部員メンバーと協力して、アンティバトラーを退けるも、彼らの後ろにいるのはバトスピハイスクールチャンピオンシップを２連覇中の六道ソウジであった。
「負けたらバトスピをやめる」と自身のバトスピをかけ戦うソウジに挑むトーヤ。しかしトーヤは破れデッキを奪われてしまう。

一方、ユウはエリア予選後、本戦にむけて、自分の実力を確認すべく、他県の本戦に出場するバトラー達の学校を巡ることに。
各ライバル校を巡り、自分のバトスピへの自信を取り戻す。

仲間たちに救われデッキを取り戻したトーヤはバトスピハイスクールチャンピオンシップ本戦に挑む。
全国の高校生ライバル達が一堂に会し、そこにはソウジの姿もあった。
準決勝、ソウジとトーヤは「自分たちのバトスピ」をかけて勝負をする。
互いの未来を賭けたバトルにトーヤは勝利した。
バトスピをやめようとするソウジに「負けてこそバトスピは強くなれる」とトーヤは伝えソウジのバトスピを打ち破った。
ユウとの決勝戦、これまで積み重ねたものをすべてぶつけトーヤは勝利し、バトスピハイスクールチャンピオンシップ優勝を飾った。

バトスピハイスクールチャンピオンシップを終え、日常に戻ったトーヤはある噂を聞く。
年に一度、その年を代表するカードバトラーを決める大会、「バトスピクロスグランプリ」にトーヤやユウが招待されるかもしれないというものだった。
バトスピのプロたちも参加するバトスピ界の一大イベント、ユウも参加するなら頑張らないと！
高校生最強となったトーヤは、新たな大会に向けて、闘志を燃やす。

「バトスピクロスグランプリ」、トーヤが新たな目標を得ると同時、バトスピ部にも新たな部員、転校生の入谷ノボルがやってくる。
トーヤは入部テストに向けて、初心者のノボルにバトスピを教えることになる。
部員や、ユウの協力にしてもらいながら、トーヤはノボルを鍛えていく。

ゲート市に新たにオープンしたカードショップ、「カードガーデン」と「カードリング」のショップ対抗戦開催が発表される。
店の代表して戦うのは５組のタッグ。トーヤとユウは別々の店から出ることにする。
ノボルからタッグを組もうと誘われるトーヤだが、他にも多くの希望者が出てきてしまい――――。

トーヤはノボルとタッグを組み、カードリング代表としてショップ対抗戦に参加する。
対するユウのタッグパートナーは元トッププロの壱本木アユム。
それぞれの代表タッグが激戦を繰り広げた結果、戦績は全くのイーブンとなってしまう。
決着をつけるため、代表戦が行われることになり――――。

バトスピクロスグランプリの招待状がトーヤのもとに届く。バトスピの一大イベントに出場が決定するも、トーヤは素直に喜べない。
ショップ対抗戦のあと、バトスピのプロになる気がないと告げ、ユウを怒らせたことが心に引っかかっていたのだ。
プロを目指すべきなのか……悩むトーヤは答えを求めるため、ミツグたち三年生に進路相談に乗ってもらう。

自分の活躍を喜んでくれるみんなのために、プロを目指す。そう決めたトーヤは、みんなを喜ばせるため、バトスピクロスグランプリで優勝すると宣言する。
ユウにソウジ、そしてバトスピを始めるきっかけでもある憧れのカードバトラーにしてプロリーグチャンピオン、頂埜イチカ……。
強敵ひしめく中、未来に向けたトーヤの戦いが始まる！