ピラーは複数の層から成る巨大な建造物であり、内部には驚くべき世界が広がっている。下層部は崩壊したニューヨークの街を取り込んだ、廃墟の街が広がっているが、そこにかつての住人達の姿はなく、謎のエネミーたちが徘徊している。

２層目には、「原初の記憶」と呼ばれるエリアが広がっている。建造物を覆う植物のツタ、そして空を覆い尽くす大樹の梢…。ピラーは、一体、誰が何のために、そしてどのような手段で、建造したのだろうか。

3層目は、これまでのエリアと異なり機械化された内観が広がる「機関部」。ここでピラーの動力が生み出されているのだろうか。いったいどのような構造・理で構成されているのか、謎は深まるばかりだ…

まるで古代の遺跡のような風景が広がるエリア「文明の記憶」ここまで来ると、さまざまな仕掛けに加え、エネミーの妨害も激しくなる。遺跡の奥に待ち構えるものとは……

階層を進むための代償、仲間一人の消去(イレイズ)を行う場。階層ごとの主要なクエストをクリアすることで、ジャッジルームへの道が開け、裏切り者かどうかに関わらずジャッジの結果通り容赦なく消去(イレイズ)が行われる。ジ・エンドはなぜこのような仕掛けを施したのだろうか…

S.E.A.L.E.D.メンバーが戦いの準備をする「拠点」。メンバーとの信頼度を高めるイベントや、新しいギフトの習得や成長、クエストをクリアすることで得られるエネルギーの結晶“EN”を利用したアイテムの生成などが行える。さらに一度クリアした階層を再びプレイすることも可能で、信頼度を上げたり、裏切り者をあぶり出すなど幅広い用途に使える。