S.E.A.L.E.D.メンバーはそれぞれ“ギフト”と呼ばれる能力を持ち、この“ギフト”を駆使して戦うことになる。メンバーごとに“ギフト”の特徴は異なり、浮遊能力や、治癒能力など用途は様々。さらに、ギフトツリーと呼ばれるシステムによって、プレイヤーが自由に能力を成長させることができる。ジャッジによって消去(イレイズ)されたメンバーの“ギフト”は、他のキャラクターに引き継ぐことが可能で、特徴的な能力が使えなくなることはない。